Иоганн Маркус Марци.

Иоганн Маркус Марци встретился с Кирхером, когда он возглавлял делегацию Пражского университета в Риме в 1638 году. После этого в течение 27 лет они обменивались письмами на различные научные темы. Поездка Марци была частью его продолжительной борьбы на стороне светской школы университета в поддержку их независимости от иезуитов, которые управляли соперничающим Клементинумом. Несмотря на эти усилия, два университета объединились в 1654 году под иезуитским контролем. Благодаря этому появились мнения о том, что политическая вражда с иезуитами заставила Марци подделать письма Бареша и, позже, манускрипт Войнича в попытке разоблачить и дискредитировать их «звезду» — Кирхера.

Личность и знания Марци были адекватными этой задаче. Письмо Георга  Бареша имеет определённое сходство с шуткой, которую востоковед  Андреа Мюллер (Andreas Muller) однажды сыграл над Атанасиусом Кирхером.  Мюллер сфабриковал бессмысленный манускрипт и послал его Кирхеру с  пометкой о том, что манускрипт попал к нему из Египта. Он попросил у  Кирхера перевод текста, и есть сведения, что Кирхер предоставил его немедленно.

Интересно заметить, что единственные подтверждения существования  Георга Бареша — это три письма, посланные Кирхеру: одно послал сам  Бареш в 1639 году, два других Марци (около года спустя). Также  любопытно, что переписка между Марци и Атанасиусом Кирхером  заканчивается в 1665 году, именно «сопроводительным письмом»  манускрипта Войнича. Однако тайная неприязнь Марци к иезуитам — всего  лишь гипотеза: правоверный католик, он сам учился на иезуита и незадолго  до смерти в 1667 году был удостоен почётного членства в их ордене.

Рафаэль Мнишовски.

Друг Марци, Рафаэль Мнишовски, который был предполагаемым источником истории о Роджере Бэконе, сам был криптографом (среди многих других  занятий) и около 1618 года предположительно изобрёл шифр, который считал невзламываемым. Это привело к появлению теории о том, что он был  автором манускрипта Войнича, который понадобился для практической  демонстрации вышеназванного шифра — и сделал бедного Бареша  «подопытным кроликом».

После того, как Кирхер опубликовал свою книгу о расшифровке коптского языка, Рафаэль Мнишовски, по этой теории, решил, что привести в замешательство хитроумным шифром Атанасиуса Кирхера  было бы намного более лакомым трофеем, чем завести в тупик Бареша. Для  этого он мог убедить Георга Бареша попросить помощи у иезуитов, то есть у Кирхера. Чтобы мотивировать Бареша это сделать, Рафаэль Мнишовски  мог изобрести историю о таинственной зашифрованной книге Роджера  Бэкона. Действительно, сомнения в истории Рафаэля в сопроводительном  письме манускрипта Войнича могли означать, что Иоганн Маркус Марци  заподозрил ложь. Однако нет явных доказательств этой теории.

Энтони Эскем.

Доктор Леонелл Стронг (Dr. Leonell Strong), исследователь рака и  криптограф-любитель, также пытался расшифровать манускрипт. Стронг считал, что разгадка манускрипта в «особенной двойной системе арифметических прогрессий многочисленных алфавитов». Стронг утверждал, что, согласно расшифрованному им тексту, манускрипт написан английским автором XVI века Энтони Эскемом (Anthony Ascham), работы которого включают книгу «Малый травник» (A Little Herbal), опубликованную в 1550 году. Хотя манускрипт Войнича и содержит разделы, похожие на травник, основной аргумент против этой теории тот, что неизвестно, где автор «травника» мог бы приобрести такие литературные и криптографические знания.

Несколько авторов.

Прескотт Кариер (Prescott Currier), криптоаналитик Военно-морских сил США, который работал с манускриптом в 1970-х годах, обнаружил, что страницы «ботанического» раздела манускрипта могут быть поделены на два типа, A и B, с характерными статистическими свойствами и, по всей видимости, разными почерками. Он заключил, чтоманускрипт может быть работой двух или нескольких авторов, которые использовали разные диалекты или традиции орфографии, но разделяли одну и ту же систему письма. Однако последние исследования поставили под сомнение эти выводы. Эксперт по почеркам, который исследовал манускрипт, выявил только одну руку во всей книге. Кроме того, после внимательного рассмотрения всех разделов можно увидеть постепенный переход между типом A и B. Поэтому наблюдения Прескотта могут говорить о том, что «ботанический» раздел создавался в два приёма, разделённых между собой достаточно долгим периодом времени.

                                             Теории о содержании и предназначении.

Общее впечатление, которое создают оставшиеся страницы манускрипта, позволяет предположить, что он предназначался для того, чтобы служить фармакопией или отдельными темами книги средневековой или более ранней медицины. Однако сбивающие с толку детали иллюстраций питают множество теорий о происхождении книги, содержании её текста и цели, для которой она была написана. Далее изложены несколько таких теорий.

Гербалистика.

С большой долей уверенности можно сказать, что первая часть книги посвящена травам, но попытки сравнить их с реальными образцами трав и со стилизованными рисунками трав того времени в целом провалились. Несколько растений: анютины глазки, папоротник адиантум, лилия, чертополох — могут быть определены достаточно точно.

Те рисунки из «ботанического» раздела, которые соответствуют наброскам из «фармацевтического» раздела, производят впечатление их точных копий, но с отсутствующими частями, которые дополнены неправдоподобными деталями. Действительно, многие растения кажутся составными: корни одних экземпляров сцеплены с листьями от других и с цветами от третьих.

Подсолнечники.

Брамбо (Brumbaugh) считал, что одна из иллюстраций изображает подсолнечник Нового Света. Если бы это было так, это могло помочь определить время написания манускрипта и открыть интригующие обстоятельства его происхождения. Однако сходство очень незначительное, особенно если сравнивать рисунок с настоящими дикими образцами, а так как его масштаб не определён, то изображённое растение может быть другим членом этого семейства, которое включает одуванчик, ромашку и другие виды по всему миру.

Алхимия.

Водоёмы и каналы в «биологическом» разделе  могут означать связь с алхимией, что могло бы иметь значение, если бы книга содержала инструкции по приготовлению медицинских эликсиров и смесей. Однако для алхимических книг того времени характерен графический язык, где процессы, материалы и компоненты изображались в виде особых картинок (орёл, лягушка, человек в могиле,  пара в постели и т. д.) или стандартных текстовых символов (круг с крестом и т. д.). Ни один из них не может быть убедительно идентифицирован в манускрипте Войнича.

Алхимическая гербалистика.

Серджио Торезелла (Sergio Toresella), эксперт по палеоботанике, отмечал, что манускрипт мог быть алхимической гербалистикой, которая на самом деле не имела ничего общего с алхимией, но была фальшивой книгой травника с выдуманными картинками, которую лекарь-шарлатан мог носить с собой, чтобы производить впечатление на клиентов. Предположительно, существовала сеть домашних мастерских по производству таких книг где-то в северной Италии, как раз во времена предположительного написания манускрипта. Однако такие книги значительно отличаются от манускрипта Войнича и стилем, и форматом, кроме того, все они были написаны на обычном языке.

Астрологическая ботаника.

Астрологические исследования часто играли заметную роль при сборе трав, кровопускании и других медицинских процедурах, которые проводились в благоприятные числа, расписанные в астрологических книгах (например, книги Николаса Калпепера (Nicholas Culpeper)). Однако за исключением обычных зодиакальных символов, изображения 24-часового дня, года, состоящего из 12 месяцев, времён года и одной диаграммы, возможно, изображающей классические планеты, никто пока не смог интерпретировать иллюстрации в рамках известных астрологических традиций (европейских или любых других).

Микроскопы и телескопы.

Круговой чертёж в «астрономическом» разделе изображает объект неправильной формы с четырьмя изогнутыми секторами; некоторые интерпретируют его как изображение галактики, которое могло быть получено только с помощью телескопа. Другое изображение было интерпретировано как клетка живого организма, наблюдаемая через микроскоп. Это позволяло предположить, что время создания манускрипта — не Средневековье, а более поздний период. Однако сходство является достаточно сомнительным, так как при ближайшем рассмотрении центральная часть «галактики» больше похожа на бассейн.

                                                   Теории о языке манускрипта.

Множество теорий было выдвинуто по поводу языка, используемого манускриптом. Далее приведены некоторые из них.

Буквенный шифр.

Согласно этой теории, манускрипт Войнича содержит осмысленный текст на каком-то европейском языке, который был намеренно переведён в нечитаемый вид отображением его в алфавите манускрипта с помощью какого-то кодирования — алгоритма, который оперировал отдельными буквами.

Это было рабочей гипотезой для большинства попыток расшифровки на протяжении XX века, в том числе для неофициальной группы криптоаналитиков Управления национальной безопасности США (National Security Agency, NSA) под руководством Уильяма Фридмана в начале 1950-х годов.

Простейшие шифры, основанные на замене символов, могут быть исключены, так как их очень просто взломать. Поэтому усилия дешифровальщиков были направлены на полиалфавитные шифры, изобретённые Альберти в 1460-х годах. Этот класс включает в себя известный шифр Виженера (Vigenere cipher), который мог быть усилен использованием несуществующих и/или аналогичных символов, перестановкой букв, ложными пробелами между словами и т. д. Некоторые исследователи предполагают, что гласные буквы были удалены перед кодированием. Было несколько заявлений о дешифровке на основании этих предположений, но они не получили широкого признания. В первую очередь потому, что предложенные алгоритмы расшифровки были основаны на стольких догадках, что с их помощью можно было бы извлечь осмысленную информацию из любой случайной последовательности символов.

Основной аргумент в пользу этой теории заключается в том, что использование странных символов европейским автором едва ли можно объяснить иначе, чем попыткой скрыть информацию. Действительно, Роджер Бэкон разбирался в шифрах, а предположительный период создания манускрипта приблизительно совпадает с рождением криптографии как систематизированной науки. Против этой теории выступает наблюдение о том, что использование полиалфавитного шифра должно было уничтожить «естественные» статистические свойства, которые наблюдаются в тексте манускрипта Войнича, такие как закон Ципфа. Также, хотя полиалфавитный шифр и был изобретён примерно в 1467 году, его разновидности стали популярны только в XVI веке, что несколько позднее предполагаемого времени написания манускрипта.

Шифр по кодовой книге.

Согласно этой теории, слова в тексте манускрипта в действительности являются кодами, которые расшифровываются в особом словаре или кодовой книге. Основной довод в пользу теории это то, что внутренняя структура и распределение длин слов сходны с используемыми в римских цифрах, которые были бы естественным выбором для этой цели в то время. Однако кодирование, основанное на кодовых книгах, удовлетворительно только при написании коротких сообщений, так как оно очень обременительно для письма и чтения.

Визуальный шифр.

Джеймс Финн (James Finn) предположил в своей книге «Надежда Пандоры» (Pandora’s Hope) (2004), что манускрипт Войнича на самом деле визуально закодированный текст на иврите. После того, как буквы в манускрипте были правильно транскрибированы на «Европейский алфавит Войнича» (ЕАВ, или EVA на английском), многие слова в манускрипте могут быть представлены как слова на иврите, которые повторяются с различными искажениями, чтобы ввести в заблуждение читателя. Например, слово AIN из манускрипта — это слово «глаз» на иврите, которое повторяется как искажённая версия в виде «aiin» или «aiiin», что производит впечатление нескольких разных слов, хотя на самом деле это одно и то же слово. Предполагается возможность использования и других методов визуального кодирования. Основной аргумент в пользу этой теории тот, что она может объяснить неудачные исходы других попыток декодирования, опиравшихся больше на математические методы дешифровки. Основной аргумент против этой точки зрения тот, что при таком подходе к природе шифра манускрипта, на плечи отдельно взятого дешифровщика ложится тяжёлое бремя различной интерпретации одного и того же текста из-за множества альтернативных возможностей визуальной кодировки.

Микрография.

После повторного открытия в 1912 году, одна из наиболее ранних попыток раскрыть секрет рукописи (и, несомненно, первая среди преждевременных заявлений о расшифровке) была сделана в 1921 году Уильямом Ньюболдом (William Newbold), известным специалистом по криптоанализу и профессором философии университета штата Пенсильвания (University of Pennsylvania), а также коллекционером старинных книг. Его теория состояла в том, что видимый текст бессмыслен, но каждый символ, из которых состоит текст, является набором крошечных чёрточек, различимых только при увеличении. Эти чёрточки предположительно формировали второй уровень прочтения рукописи, который и содержал осмысленный текст. При этом Ньюболд опирался на древнегреческий способ скорописи, использовавший подобную систему условных обозначений. Ньюболд утверждал, что, исходя из этой предпосылки, он сумел расшифровать целый параграф, который доказывал авторство Бэкона и свидетельствовал о его выдающихся способностях учёного, в частности, об использовании им сложного микроскопа за четыреста лет до Антони ван Левенгука.

Однако уже после смерти  Ньюболда криптолог Джон  Мэнли (John Manly) из  Чикагского университета  (University of Chicago) отметил серьёзные недостатки в этой теории. Каждая чёрточка, содержащаяся в символах рукописи, допускала несколько интерпретаций при  расшифровке без достоверного способа выявить среди них «верный» вариант. Метод Уильяма Ньюболда также требовал перестановки «букв» рукописи до тех пор, пока не получался  осмысленный текст на латыни. Это приводило к выводу о том, что с помощью метода Ньюболда можно получить практически любой желаемый текст из рукописи Войнича. Мэнли доказывал, что эти  чёрточки появились в результате растрескивания чернил при их высыхании на грубом пергаменте. В  настоящее время теория  Ньюболда практически не рассматривается при расшифровке рукописи.

Стеганография.

Эта теория основана на предположении о том, что текст книги по большей части бессмыслен, но содержит информацию, спрятанную в незаметных деталях, например, вторая буква каждого слова, количество букв в каждой строке и т. п. Техника кодирования, называемая стеганографией, очень стара и была описана ещё Иоганном Тритемием (Johannes Trithemius) в 1499 году. Некоторые исследователи предполагают, что обычный текст был пропущен через что-то вроде решётки Кардано. Эту теорию сложно подтвердить или опровергнуть, так как стеготекст бывает трудно взломать без наличия каких-либо подсказок. Аргумент против этой теории может быть тот, что наличие текста на непонятном алфавите встаёт в противоречие с предназначением стеганографии — сокрытием самого существования какого-либо секретного послания.

Некоторые исследователи предполагают, что осмысленный текст мог быть закодирован в длине или форме отдельных росчерков пера. Действительно, существуют экземпляры стеганографии того времени, которые используют начертание букв (курсивное или прямое начертание), чтобы скрыть информацию. Однако после исследования текста манускрипта при высоком увеличении росчерки пера кажутся достаточно естественными, и в значительной степени различия в начертании букв вызваны неровной поверхностью пергамента.