Манускрипт Войнича, известный как самая таинственная книга в мире, остается загадкой уже 500 лет. Написанная неизвестным автором на непонятном языке, она пестрит необъяснимыми символами и странными иллюстрациями. Книга получила своё название в честь торговца книгами американца польского происхождения Вилфрида Михаила Войнича, который случайно обнаружил её в 1912 г. в коллекции древних документов иезуитского колледжа во Фраскати, возле Рима.
Нестандартность манускрипта Войнича заключается в том, что он был написан уникальным алфавитным письмом, не похожим ни на одну буквенную систему. Этот труд поставил в тупик величайших криптографов XX в., до настоящего времени оставаясь загадкой. Купив книгу в 1912 г., Вилфрид Войнич сделал с неё фотокопию и передал криптографам, специалистам по древним языкам, астрономам и ботаникам, но те не смогли расшифровать загадочный язык манускрипта. Доктор Уильям Ромэйн Ньюболд из университета штата Пенсильвания, специалист по средневековой философии и науке (а также криптограф), в 1919 г. решил, что разгадал код. Однако позднее его гипотеза была опровергнута. Во время Второй мировой войны изучением манускрипта занялись британские и американские дешифровалыцики, однако и они не смогли прочитать ни слова.
В 1944 г. монах-бенедектинец, ботаник католического университета Хаф О'Нейл идентифицировал некоторые растения, изображенные в книге, в частности такие американские виды, как подсолнечник и красный перец. Это означало, что манускрипт должен датироваться не ранее 1493 г., когда Колумб привез семена в Европу. Однако иллюстрации в манускрипте довольно нечёткие и ставят под сомнение выводы О'Нейла. Интересное предположение связано с именем капитана Прескотта Кариера, криптоаналитика Военно-морских сил США. Основываясь на статистических данных при анализе текста, он установил, что манускрипт написан двумя стилями, названными им различными языками, и обозначил их А и В. В своём заключении он отмечал, что манускрипт был создан, по крайней мере, двумя людьми, хотя, возможно, его писал один человек, но в разное время.
Было выдвинуто немало теорий относительно языка рукописи, её происхождения и целей создания. Чаще всего в связи с этим упоминается имя Роджер Бэкон. Этого человека постоянно преследовали за его труды и научные открытия, поэтому он высказывался в пользу кодировки для сохранности данных. Утверждение Марци, который упоминал Бэкона как возможного автора манускрипта, произвело впечатление на Вилфрида Войнича. Он был почти уверен в том, что именно Бэкон — настоящий автор, и провел множество исторических исследований, пытаясь проверить и доказать это. Он установил, что у доктора Джона Ди была большая коллекция работ Бэкона и, предположительно, учёный навещал Рудольфа во время создания рукописи.
Гипотезу о том, что номера страниц на манускрипте проставил Ди, отвергают большинство исследователей его жизни и деятельности. Впрочем, не только в этом связь Ди с манускриптом не подкрепляется прямыми доказательствами: он не упоминал ни слова о книге в своих довольно подробных дневниках. Тем не менее идеи Войнича оказали большое влияние на дальнейшие исследования и попытки расшифровать манускрипт. В 1943 г. нью-йоркский юрист Джозеф Мартин Фили опубликовал работу «Шифр Роджера Бэкона: настоящий ключ найден», в которой заявил, что Бэкон написал текст, используя сокращения слов средневековой латыни. Это предположение никто не принял всерьёз. Специалисты по работам Бэкона, изучив манускрипт Войнича, отвергли его авторство.